MAN Tapanuli Selatan pertama kali didirikan di Jl. Simangambat, Kel. Bungabondar, Kec. Sipirok,  Kab. Tapanuli Selatan pada tahun 1996 sebagai unit gedung baru pada masa pemerintahan bupati Tapanuli Selatan, Sualoon Siregar. MAN Tapanuli Selatan merupakan Madrasah Aliyah Negeri pertama di kabupaten Tapanuli Selatan. MAN Tapanuli Selatan sejak didirikan dan dalam perjalanannya dari tahun ke tahun telah dan akan terus menyelenggarakan pendidikan SMA berciri khas Islam sesuai dengan kebutuhan masyarakat yang ingin sekolah menengah berciri khas Islam. Sebagai institusi pendidikan menengah di bawah Kementerian Agama, MAN Tapanuli Selatan hadir menawarkan pendidikan Islam yang hakiki yakni memanusiakan manusia menuju insan paripurna (insan al- kamil).